公司合并，申請仲裁如何確定被申請人

《中華人民共和國勞動合同法》第三十四條規定，用人單位發生合并或者分立等情況，原勞動合同繼續有效，勞動合同由承繼其權利和義務的用人單位繼續履行。

《中華人民共和國民法典》第六十七條規定，法人合并的，其權利和義務由合并后的法人享有和承擔。

新修訂的《中華人民共和國公司法》(自2024年7月1日起施行)第二百二十一條(現行公司法第一百七十四條)規定，公司合并時，合并各方的債權、債務，應當由合并后存續的公司或者新設的公司承繼。

根據上述規定，員工提出勞動爭議仲裁申請時，應當以合并后的公司為被申請人。